Con il progetto di Animazione 3D è stato ideato e messo in pratica un nuovo programma con cui è possibile, a partire da dati di biologia strutturale, ottenere filmati in cui le proteine si vedono in movimento nel loro ambiente e in una forma capace di trasmettere informazioni rilevanti (di tipo chimico-fisico) in modo intuitivo e diretto.

Il programma è basato su Blender, un pacchetto completo per la creazione di contenuti 3D, interamente open source e dotato, oltre che di tutti gli strumenti classici dell'animazione 3D (modellazione, animazione, simulazione fisica e rendering), anche di un motore per videogiochi. Proprio su quest'ultimo, opportunamente modificato, è stato costruito il motore per l'elaborazione scientifica del movimento interno delle molecole, sulla base di dati di conformazione ricavati dalla Protein Data Bank.

Il sistema di rendering è stato utilizzato per proporre un inedito codice visivo per la comunicazione diretta di informazioni sui potenziali lipofilico ed elettrostatico, calcolati secondo rigorosi programmi scientifici sulla base delle coordinate atomiche, modificabili frame per frame (24 volte al secondo).

Il programma è distribuito tramite il sito web www.bioblender.net; al momento questo rimanda al sito del gruppo di studio (www.scivis.ifc.cnr.it) nella cui sezione 'download' si può scaricare anonimamente e gratuitamente. Allo stesso indirizzo web sono disponibili materiali relativi alla costruzione, installazione ed uso del programma. Inoltre, sono visibili sul sito alcuni filmati (Protein Expressions Studies) che hanno riscosso un certo successo sia nel campo scientifico che in quello della cinematografia sperimentale e della Computer Graphics.